A Direcção é o órgão colegial de administração da FPAS, sendo integrada pelo Presidente e por um número par de membros nunca inferior a quatro (4), eleitos nos termos estatutários.
A Direcção poderá ser coadjuvada por órgãos de staff, reportando estes ao Regulamento Interno dos Órgãos de Staff:
- Comité Desportivo
- Conselho Nacional do Mergulho Recreativo
- Departamento para a Investigação e Ciência
- Departamento de Formação
- Departamento Administrativo e Financeiro (DAF)